Organizacija občinske uprave je oblikovana tako, da zagotavlja strokovno, učinkovito in racionalno izvrševanje nalog občine ter učinkovit notranji nadzor nad opravljanjem nalog, zakonito in pravočasno uresničevanje pravic, interesov in obveznosti strank in drugih udeležencev v postopkih, polno zaposlenost delavcev v občinski upravi ter učinkovito sodelovanje z drugimi organi in institucijami.

Delovanje občinske uprave občine Izola je urejeno z Odlokom o organizaciji in delovnem področju občinske uprave Občine Izola (Uradne objave, št. 8/07, 1/10 in 19/11).

Predstojnik občinske uprave je župan, ki usmerja in nadzira njeno delo. Delo občinske uprave neposredno vodi direktor občinske uprave. Notranje organizacijske enote vodijo vodje.